第3回 クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

2020年2月25日(火)~26日(水)

 開催概要​ 

 クライオ電子顕微鏡によるタンパク質やその複合体の単粒子解析は、電子直接検出器、位相板、解析ソフトウェアの開発といった技術革新が起こり、分解能革命と呼ばれる時代の中にあります。現在、世界では結晶化の難しいタンパク質複合体などの構造解析を行うための最新鋭の電子顕微鏡装置の導入が進められています。こちら高エネルギー加速器研究機構(KEK)・物質構造科学研究所・構造生物学研究センターにおいても、日本医療研究開発機構(AMED)の創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム事業(BINDS)を通じ、電子直接検出器Falcon 3を備えた200 kVの電子顕微鏡Talos Arctica (Thermo Fisher Scientific社) を導入しました。現在は、クライオ電顕の初期トレーニングを行うと共に、施設の共同利用を開始し、ユーザーの方々の構造解析用サンプルのスクリーニングやデータ測定が行われています。
 このような状況の下、クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョンを中心としたデータ解析講習会を開催いたします。RELIONを使ったクライオ電子顕微鏡による単粒子解析の概要についての講義を含めた解析実習など、各自で実際にStep by Step方式で電顕データの処理を体験していただきます。皆様、ぜひご参加ください。

​高エネ機構

 日時 

2020年2月25日(火)~26日(水)

 会場 

高エネルギー加速器研究機構 3号館1階セミナーホール

 講師 

 

守屋俊夫:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
安達成彦:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
川崎政人:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
山田悠介:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

 実習インストラクター 

 

重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
包明久 :東京大学大学院・医学系研究科
浅井樹 :千葉大学大学院・理学研究科
荒牧慎二:Tietz Video & Image Processing Systems GmbH

 招待公演(予定) 

重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
宮崎直幸:筑波大学生存ダイナミクスセンター
包明久 :東京大学大学院医学系研究科
浅井樹 :千葉大学大学院理学研究科

 宿泊および食事 

本講習会は、1泊2日のプログラムですが、機構内のドミトリー(1500円/1泊 バストイレ共同)を利用することが可能です。24日夜から前泊することもできます。
※ドミトリーの利用は数に限りがありますので、先着順となります。
※講習会中の食事は、キャンパス内の食堂および喫茶室にて取ることが可能です。 1日目の講習会終了後には懇親会を開催します。

 募集対象と人数 

本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員:20名 (クラウド解析環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。)

 参加条件 

解析実習に使うため、WiFi接続が可能なノート型パソコンをお持ちください。

尚、今回の講習会は、大規模計算機上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のノートパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンを持ってきていただく必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

​*プログラムは決定次第随時アップ致します*

 参加費 

講習会:無料

​交通費宿泊費の補助はありません。

プログラム(仮)

2月25日(火) 3号館1階セミナーホール

10:00-10:10 はじめに 千田俊哉(KEK)

10:10-10:30 Relion3データ解析〜2次元電顕像から初期3次元構造再構築まで〜

       守屋俊夫(KEK)

10:30-10:50 データ解析環境の紹介と使い方

       山田悠介(KEK)

10:50-12:20 座学・解析実習:ドリフト補正とCTF推定

12:20-12:30 協賛企業発表

12:30-13:30 昼食

13:30-14:45 座学・解析実習:粒子ピッキング

14:45-15:00 解析実習:二次元クラス平均化

15:00-15:45 招待公演:重松秀樹(理化学研究所)

15:45-16:00 休憩

16:00-16:10 協賛企業発表

16:10-17:00 座学・解析実習:二次元クラス平均化

17:00-17:15 解析実習:初期三次元再構築

 

17:15-17:45 招待公演:包明久(東京大学)

17:45-18:15 座学・解析実習:初期三次元再構築

18:30-20:30 懇親会(会場未定)

会費:一般3,000円、学生2,000円(予定)

2月26日(水)3号館1階セミナーホール

09:00-09:20 Relion3データ解析

                       〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する3次元分類と精密化〜

          守屋俊夫(KEK)

09:20-09:35 解析実習:三次元クラス分類

09:35-10:20 招待公演:宮崎直幸(筑波大学)

10:20-11:05 座学・解析実習:三次元クラス分類

11:05-11:20 解析実習:三次元精密化

11:20-11:30 協賛企業発表

11:30-12:30 昼食

12:30-14:05 座学・解析実習:三次元精密化と後処理

14:05-14:50 座学・解析実習:局所分解能推定

14:50-15:00 協賛企業発表

15:00-15:30 休憩・写真撮影

15:30-15:45 解析実習:掌性(handedness)検証

15:45-16:15 座学:RELIONの高度な機能

16:15-16:35 アンケート・休憩

16:35-17:05 招待公演;浅井樹(千葉大学)

17:05-17:15 終わりに 安達成彦(KEK)

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 聴講のみの参加 ​

招待公演はじめ、講師の先生方によるセミナーはどの時間帯でも自由にご聴講頂けます。
また、席に余裕がありますので実習中もご滞在いただいて構いません。
なお、聴講のみの場合、参加登録は必要ありません。
但し、講習用配布資料や懇親会参加をご希望の方は参加登録が必要となります。

 協賛企業 ​

エクストリーム−D株式会社 ( https://xtreme-d.net/ )
インテル株式会社 
( https://www.intel.co.jp/ )
株式会社IDCフロンティア ( https://www.idcf.jp/

 問い合わせ 

 

オーガナイザー

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
守屋俊夫
e-mail: toshio.moriya[at]kek.jp

事務局
増田千穂 
電話:029-879-6176
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

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