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クライオ電顕に関わる最新の情報をお届けします。

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クライオ電顕ネットワークユーザーグループ

2022年11月29日

クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング開催のご案内

協賛:AMED-BINDS
2F-06 クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング
Cryo-electron microscopy network user group meeting

開催日時:12月1日(木)19:00ー20:30
会場:第06会場(幕張メッセ 国際会議場 3F「304」)
オーガナイザー:村田 武士(千葉大学)
日野 智也(鳥取大学)

クライオ電子顕微鏡解析を支援するシステム(クライオ電顕ネットワーク)がAMED生命科学・創薬研究支援基盤事業(BINDS)に引き継がれ、利用経験のない研究者も最先端のクライオ電子顕微鏡を利用できる環境が整った。本ワークショップでは、日本中に整備されたクライオ電子顕微鏡装置をさらに効果的に利用していくことを目指し、既存のユーザーだけでなく、今後使用したいと考えている研究者や、施設側の研究者も一堂に会し、クライオ電子顕微鏡に関して多角的に議論する。

19:00-19:15 趣旨説明
クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループのこれまでについて
村田 武士(千葉大学)
19:15-19:35 クライオ電顕ユーザーによる研究紹介1
クライオ電顕とX線結晶構造解析による二次代謝産物生合成酵素の構造機能解析
森 貴裕(東京大学)
19:35-19:55 クライオ電顕ユーザーによる研究紹介2
構造生物電気化学からみる直接電子移動型酸化還元酵素
宋和 慶盛(京都大学)
19:55-20:15 クライオ電顕ユーザーによる研究紹介3
プロトンポンプ胃酸抑制剤結合構造のクライオ電顕構造解析
阿部 一啓(名古屋大学)
20:15-20:30 総合討論
クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループの今後について
日野 智也(鳥取大学)

詳細
Abstract
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生理学研究所

2022年11月29日

生理学研究所 企業研究者対象の「社会連携トレーニングコース」

この度、生理研では、企業研究者対象の「社会連携トレーニングコース」を
行うことになり、その中で「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子
構造解析」を開講させて頂くことになりました。

日程 : 2023年1月16日(月)~1月19日(木) ※1日のみの参加もOK
場所 : 自然科学研究機構明大寺キャンパス(岡崎市明大寺町字西郷中38)
概要 : クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の構造解析を、実際の操作を
通して習得するコースです。
協力 : 生命創成探究センター
定員 : オンラインと合わせて10名程度
スケジュール:
1月16日(月) 氷包埋試料の作製
1月17日(火) 電子顕微鏡で高分解能電子顕微鏡像を撮影
1月18日(水) 解析ソフトウエアRelionによる単粒子構造解析(オンライン可)
1月19日(木) 三次元再構成像の評価とボリュームレンダリング、
       原子モデルフィッティング(オンライン可)

詳細および申し込み:
https://www.nips.ac.jp/research/cooperation.html

お問い合わせ: 村田和義(生理研・ExCELLS)kazum@nips.ac.jp

Abstract
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大阪公立大学

2022年10月20日

電子顕微鏡を用いたタンパク質の構造解析と生化学的解析に関する人材の公募

大阪公立大学 大学院医学研究科 細胞機能制御学では、現在、助教の募集をしています。


職種
大阪公立大学・大学院医学研究科・細胞機能制御学 助教

任期
5年 大学院卒業後3年以内の若手を希望する。

研究内容
電子顕微鏡を用いたタンパク質の構造解析と生化学的解析。
特にクライオ電子顕微鏡と単粒子解析ができることが望ましい。
ただ、採用後に精力的に収得する意欲があれば現時点でのスキルは問わない。

問い合わせ先
大阪公立大学・大学院医学研究科・細胞機能制御学
広常 真治
TEL: 06-6645-3725
shinjih(at)omu.ac.jp
(at)を@に変換してください。

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2022年10月15日

SBRC International Cryo-EM Seminar No.13

SBRC Cryo-EM International Seminar No.13(Online)
日時:2022年11月7日(月) 9:00 am – 11:00 am
Speaker: Prof. Tamir Gonen, PhD,
Biological Chemistry and Physiology,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles.
Investigator of Howard Hughes Medical Institute

Title: MicroED: conception, practice and future opportunities

セミナーの概要及び申込み方法についてはAbstractをご参照ください。

なお、民間企業の方のご出席につきましては、KEKのCryoEMコンソーシアム参加企業の方に限定させて頂いております。
コンソーシアムへの入会は随時受付けておりますので、ご入会方法の詳細などについては下記の連絡先までお気軽にお問い合わせください。

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生理学研究所

2022年11月1日

生理研研究会「新世代のクライオ電顕」

開催期日:2022年11月1日(火)10時〜16時
会  場:生理学研究所大会議室
研究会HP:https://www.nips.ac.jp/struct/emworkshop2022.html
参加登録:研究会HPから(10月25日〆切)※オンサイトは先着50名

○プログラム
第一部 ~新世代のアプリケーション~
1)「多剤排出トランスポーターP糖タンパク質の単粒子構造解析」
  濱口 紀江(千葉大学)
2)「フィロウイルスの単粒子解析」
  藤田 陽子(京都大)
3)「転写におけるヌクレオソーム構造変換のクライオEM構造解析」
  鯨井 智也(東京大)

第二部 ~新世代のテクノロジー~
4)「KEKでのクライオ電顕の運用と実績」(仮)
  池田 聡人(高エネ研)
5)「高精度クライオEMによる構造解析」(仮)
  浜口 祐(東北大) Tasuku Hamada (Tohoku Univ.)
6)「効率的なデータ収集を目指した修飾グラフェングリッド(EG-grid)
の開発と応用」
  藤田 純三(大阪大) Junso Fujita (Osaka Univ.)

特別講演:
「多数結晶のハイスループット測定による高多重度MicroED」
  中根 崇智(大阪大) Takanori Nakane (Osaka Univ.)

クライオ電顕ラボ見学:
岡崎のクライオ電顕施設を一挙公開!

提案代表:岩崎憲治(筑波大)/ 所内対応:村田和義(生理研・ExCELLS)
後  援:生命創成探究センター(ExCELLS)

お問い合わせ:
村田和義(生理研・ExCELLS) kazum@nips.ac.jp

Abstract
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クライオ電顕ネットワークユーザーグループ

2022年9月26日

クライオ電顕ネットワークユーザーグループミーティング開催のご案内

協賛:AMED-BINDS
2F-06
クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング
Cryo-electron microscopy network user group meeting

開催日時:12月1日(木)19:00ー20:30
会場:第06会場(幕張メッセ 国際会議場 3F「304」)
オーガナイザー:村田 武士(千葉大学)
        日野 智也(鳥取大学)

クライオ電子顕微鏡解析を支援するシステム(クライオ電顕ネットワーク)がAMED生命科学・創薬研究支援基盤事業(BINDS)に引き継がれ、利用経験のない研究者も最先端のクライオ電子顕微鏡を利用できる環境が整った。本ワークショップでは、日本中に整備されたクライオ電子顕微鏡装置をさらに効果的に利用していくことを目指し、既存のユーザーだけでなく、今後使用したいと考えている研究者や、施設側の研究者も一堂に会し、クライオ電子顕微鏡に関して多角的に議論する。

19:00-19:15   趣旨説明
       クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループのこれまでについて
       村田 武士(千葉大学)
19:15-19:35   クライオ電顕ユーザーによる研究紹介1
       クライオ電顕とX線結晶構造解析による二次代謝産物生合成酵素の構造機能解析
       森 貴裕(東京大学)
19:35-19:55  クライオ電顕ユーザーによる研究紹介2
       構造生物電気化学からみる直接電子移動型酸化還元酵素
       宋和 慶盛(京都大学)
19:55-20:15   クライオ電顕ユーザーによる研究紹介3
       プロトンポンプ胃酸抑制剤結合構造のクライオ電顕構造解析
       阿部 一啓(名古屋大学)
20:15-20:30  総合討論
       クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループの今後について
       日野 智也(鳥取大学) 

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クライオ電顕ネットワークユーザーグループ

2022年9月26日

クライオ電顕ネットワークユーザーグループHPが開設されました。

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2022年9月13日

第8回OTAクラブ単粒子解析計算処理の中・上級者の集まりが開催されました。

2022/09/07
[主催] 岸川 淳一・大阪大学蛋白質研究所

[参加] 加藤 公児・岡山大学 異分野基礎科学研究所
[参加] 宮﨑 直幸・(大塚製薬(株)、元筑波大学 生存ダイナミクス研究センター)
[参加] 横山 武司・東北大学大学院 生命科学研究科
[参加] 菅野 亮・沖縄科学技術大学院大学 イメージングセクション
[参加] 守屋 俊夫・高エネルギー加速器研究機構 (KEK) 物質構造科学研究所

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2022年9月6日

ACTIVITY REPORT Vol.2 が発行されました。

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九州大学

2022年8月1日

【ハイブリット開催】九州大学Cryo-EM講演会
日時:2022 年8月22日(月)14:00〜16:30

6月29日の開所式に引き続き、8月22日(月)に九州大学グリーンファルマ構造解センターが運営するCryo-EM装置のユーザー説明会と、高エネルギー加速器研究機構(KEK)の千田俊哉先生とKEKでCryo-EM装置の共同利用にかかわっている安達成彦先生をお迎えして講演会を開催します。

参加方法は現地参加とWeb参加があります。

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高エネルギー加速器研究機構

2022年7月1日

SBRC International Cryo-EM Seminar12

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Seminar Seriesの第11弾を7月1日(金)にハイブリッド形式にて開催いたします。​​

Abstract
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生理学研究所

2022年5月22日

生理学研究所・生体分子構造研究部門 博士研究員募集

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高エネルギー加速器研究機構

2022年3月31日

SBRC International Cryo-EM Seminar Series 11

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Seminar Seriesの第11弾を4月21日(木)にオンラインにて開催いたします。​​

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2022年4月21日

SBRC International Cryo-EM Seminar Series 10

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Seminar Seriesの第10弾を3月31日(木)にオンラインにて開催いたします。

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2022年7月15日

第5回クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョン(Relion4-beta)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。
【応募〆切 2022年3月7日(月)15:00】

Abstract
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大阪大学

2022年7月15日

2021年度 蛋白質研究所クライオ電子顕微鏡セミナー

開催日時:令和4年1月25日(火) 13:30-17:00
開催形式:Zoomによるオンライン開催

電子直接検出型カメラの登場以来、クライオ電子顕微鏡の分解能は飛躍的に向上し、タンパク質の構造解析手法において必須の技術になりました。蛋白質研究所では2016年にTitan
Kriosが導入され、日本最初の共用電子顕微鏡施設として、本研究所のみならず、国内、国外の多くの研究支援を行ってきました。
5年という節目を超え、より広く本研究所の電子顕微鏡施設とその技術力を多くの方に知っていただくために、本セミナーを開催することにいたしました。
本施設のクライオ電子顕微鏡を利用している各研究室の研究者の発表に加え、RELIONの開発に携わった中根博士によるQ&Aと、本施設のクライオ電子顕微鏡施設及びその利用の具体的な方法についても併せて紹介させていただきます。

参加費:無料 (参加登録が必要です)
参加登録URL https://forms.gle/HmwdjrK32d4dGC1x6

【注意事項】
録画禁止。視聴URLの第三者への転送不可。
【連絡先】
〒565-0871 大阪府吹田市山田丘3-2
大阪大学蛋白質研究所 電子線構造生物学研究室
Tel: 06-6105-6079(加藤 貴之・久武 瞳)
E-mail: tkato”AT”protein.osaka-u.ac.jp
(”AT”の部分は@に置き換えてください)

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沖縄科学技術大学院大学(OIST)

2022年1月30日

沖縄科学技術大学院大学(OIST)における『Cryo-EM Course』開催

沖縄科学技術大学院大学(OIST)では、2022年1月31日(月)より、『Cryo-Electron Microscopy』と題して、国内のクライオ電顕に精通した先生方のご協力のもと、5日間のWorkshopを開催致します。
本コースは、講義とハンズオンを織り交ぜた定員12名までの初級者向けとなります。

開催日:2022年1月31日(月)~2月4日(金)
Organizer:Bruno Humbel (OIST Imaging Section)

Keynote lecture(on Zoom):Marin van Heel (Brazilian Nanotechnology National Laboratory (LNNano), Brazilian Center for Research in Energy and Materials (CNPEM), Campinas, Brazil)

Invited Instructors:
Radostin Danev (the University of Tokyo)
Yoshiyuki Fukuda (the University of Tokyo)
Yoshimasa Takizawa (the University of Tokyo)
Fabian Eisenstein (the University of Tokyo)
Takeshi Yokoyama (Tohoku University)
Kazuyoshi Murata (ExCELLS)
Yukihiko Sugita (Kyoto University)
Takayuki Kato (Osaka University)
Junichi Kishikawa (Osaka University)
Naruhiko Adachi (KEK)
Toshio Moriya (KEK)


Hands-onの内容
Negative staining sample preparation
Basic training on Talos Arctica
Cryo-sample preparation
Negative stained sample screening on Talos L120C
Cryo sample screening on Talos Arctica
Automated data collection on Titan Krios
Relion Image processing

参加対象: クライオ電子顕微鏡に関わっている若手の方々(Graduate Student、Postdoc、研究員 etc)

詳細&ご登録はこちら:

*応募者多数の場合は選考の上、ご連絡致します。
https://groups.oist.jp/img/event/fy2021-cryo-electron-microscopy-course-oist


備考:
 参加者はワクチン接種済みであることが証明できる方に限ります。
 沖縄入り後、OIST提供のPCR検査を受けることが必須です。
 参加が決まった方には別途検査についてご連絡致します。
 旅費の補助はありません。

お問合せ:OIST Imaging Section 渡嘉敷 瑞貴(IMG-request@oist.jp)

Abstract
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生理学研究所

2021年11月15日

2021年度 生理研研究会
「新たなステージへと高度化するクライオ電子顕微鏡解析」
 〜求められるクライオ電顕の高速化、自動化、効率化〜

日時:11月16日(火)10時〜16時
形式:オンライン開催
後援:生命創成探究センター(ExCELLS)
   日本顕微鏡学会関西支部

https://www.nips.ac.jp/struct/emworkshop2021.html

<プログラム>
第一部
~求められるデータ取得の高速化、自動化、効率化~
セッションリーダー:岩崎 憲治
1)「氷包埋試料作製の新手法」
加藤貴之(大阪大学)
2)「電顕運用の効率化~多種類のサンプルを処理するために~」
  江原晴彦(理研横浜)
3)「高速、高効率データ収集のための自動データ取得ソフトウエア」
重松秀樹(理研播磨)

第二部
~求められるデータ解析の高速化、自動化、効率化~
セッションリーダー:村田 和義
4)「オンザフライ解析を運用してわかった3つのこと」
牧野文信(日本電子)
5)「高分解能構造決定のためのデータ解析支援」
守屋俊夫(高エネ研)
6)「クライオ電子顕微鏡の創薬応用に向けた利用と期待値」
平泉将浩(東大・田辺三菱製薬)

オプション:
 オンライン・クライオ電顕ラボツアー

提案代表者:岩崎憲治(筑波大)
所内対応:村田和義(生理研)

問い合わせ: 村田和義 kazum(at)nips.ac.jp

Abstract
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第4回 クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング(協賛:AMED-BINDS)

2022年12月1日

昨年の第3回に引き続き、今年も日本分子生物学会年会内のフォーラムとして開催します。※オンラインハイブリッド開催予定

ーーープログラムーーー

はじめに 村田 武士(千葉大学)
「クライオ電顕ネットワークの説明とKEKクライオ電顕施設の現状について」
安達 成彦(高エネルギー加速器研究機構)
「北海道大学創薬拠点におけるクライオ電子顕微鏡の運用について」
前仲 勝実(北海道大学)
「東北大学に導入されたクライオ電顕装置の紹介 」
田中 良和(東北大学)
「クロマチンアトラス解明に向けたクライオ電子顕微鏡施設 」
滝沢 由政 (東京大学)
「理研横浜クライオ電子顕微鏡施設 」
関根 俊一 (理化学研究所)
「京都大学ウイルス・再生医科学研究所におけるクライオ電顕施設の紹介 」
杉田 征彦 (京都大学)
「SPring-8サイトにおけるクライオ電子顕微鏡施設の紹介 」
重松 秀樹 (理化学研究所) おわりに 村田 武士(千葉大学)
ーーーーーー
問い合わせ先:
村田武士(t.murata(at)faculty.chiba.ac.jp)・安達成彦(naruhiko.adachi(at)kek.jp)

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ウプサラ大学(Uppsala University)

2021年7月7日

構造解析あるいはクライオ電子顕微鏡を用いた研究に関するポスドクの公募

ウプサラ大学 我々の研究プログラム (Molecular Biophysics Program, ICM, Uppsala Unviersity)では、X線レーザーイメージングやクライオ電子顕微鏡などさまざまな構造解析の手法を用いて、タンパク質複合体やウイルスの構造研究を行なっております。今、構造解析あるいはクライオ電子顕微鏡を用いた研究に関するポスドクの公募を行っております。

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高エネルギー加速器研究機構

2021年4月21日

SBRC International Cryo-EM Seminar Series 9 2021年4月22日 17:00

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Seminar Seriesの第9弾を4月22日(木)にオンラインにて開催いたします。​​
【〆切:4月20日(火)15:00】

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高エネルギー加速器研究機構

2021年3月1日

SBRC International Cryo-EM Seminar Series 8 2021年3月2日

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Seminar Seriesの第8弾を3月2日(火)にオンラインにて開催いたします。​​
【申込再開!〆切:2月25日(木)15:00】

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高エネルギー加速器研究機構

2021年2月23日

第4回クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョンを中心としたデータ解析講習会を開催いたします。
【応募〆切 2021年2月17日(水)15:00】

Abstract
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沖縄科学技術大学院大学(OIST)

2021年2月14日

沖縄科学技術大学院大学(OIST)における『Cryo-EM Course』開催

沖縄科学技術大学院大学(OIST)では、2022年1月31日(月)より、『Cryo-Electron Microscopy』と題して、国内のクライオ電顕に精通した先生方のご協力のもと、5日間のWorkshopを開催致します。
本コースは、講義とハンズオンを織り交ぜた定員12名までの初級者向けとなります。

開催日:2022年1月31日(月)~2月4日(金)
Organizer:Bruno Humbel (OIST Imaging Section)

Keynote lecture(on Zoom):Marin van Heel (Brazilian Nanotechnology National Laboratory (LNNano), Brazilian Center for Research in Energy and Materials (CNPEM), Campinas, Brazil)

Invited Instructors:
Radostin Danev (the University of Tokyo)
Yoshiyuki Fukuda (the University of Tokyo)
Yoshimasa Takizawa (the University of Tokyo)
Fabian Eisenstein (the University of Tokyo)
Takeshi Yokoyama (Tohoku University)
Kazuyoshi Murata (ExCELLS)
Yukihiko Sugita (Kyoto University)
Takayuki Kato (Osaka University)
Junichi Kishikawa (Osaka University)
Naruhiko Adachi (KEK)
Toshio Moriya (KEK)


Hands-onの内容
Negative staining sample preparation
Basic training on Talos Arctica
Cryo-sample preparation
Negative stained sample screening on Talos L120C
Cryo sample screening on Talos Arctica
Automated data collection on Titan Krios
Relion Image processing

参加対象: クライオ電子顕微鏡に関わっている若手の方々(Graduate Student、Postdoc、研究員 etc)

詳細&ご登録はこちら:

*応募者多数の場合は選考の上、ご連絡致します。
https://groups.oist.jp/img/event/fy2021-cryo-electron-microscopy-course-oist


備考:
 参加者はワクチン接種済みであることが証明できる方に限ります。
 沖縄入り後、OIST提供のPCR検査を受けることが必須です。
 参加が決まった方には別途検査についてご連絡致します。
 旅費の補助はありません。

お問合せ:OIST Imaging Section 渡嘉敷 瑞貴(IMG-request@oist.jp)

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高エネルギー加速器研究機構

2020年12月13日

SBRC International Cryo-EM Seminar Series 7

2020年12月14日 17:00
国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Semianer Seriesの第7弾を12月14日(月)にオンラインにて開催いたします。

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高エネルギー加速器研究機構

2020年10月7日

第三回 OTAクラブ〜中・上級者向け電顕解析勉強会〜

第三回 中・上級者向け電顕解析勉強会を開催いたします。
オンライン開催(Zoom)
日時:2020年10月08日 13:00 – 2020年10月09日 16:30

主催者:KEK・守屋
参加者:筑波大・宮崎、京大・杉田、東北大・横山、東大・包、OIST・菅野、阪大・岸川
聴講参加者:岡山大・加藤、TVIPS・荒牧、KEK・川崎、KEK・篠田
概要 :
2020/10/08(木)
13:00〜17:00 勉強会(実習):Topazを使ってみよう!〜全自動パイプライン〜(守屋)
14:00〜14:30 勉強会(発表):凍結装置SIROBAKOの開発(篠田)
14:30〜17:00 勉強会(実習):Topazを使ってみよう!〜全自動パイプライン〜(守屋)
2020/10/09(金)
10:00〜12:00 勉強会(実習):Topazを使ってみよう!〜訓練パイプライン〜(守屋)
12:00〜13:00 昼食
13:00〜13:30 ディスカッション:クラブの運営について(守屋)
13:30〜16:30 勉強会(発表:参加者全員)

高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
問い合わせ先:029-879-6176

Abstract
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生理学研究所

2020年10月14日

生理学研究所
【WEB開催】生理研研究会「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能単粒子構造解析」~ コロナ禍にできること、すべきこと~

開催期日:2020年11月10日(火)13時〜14時15分
提案代表者:岩崎憲治(筑波大)/所内対応者:村田和義(生理研)
後援:日本顕微鏡学会関西支部
研究会ホームページ: https://www.nips.ac.jp/struct/emworkshop2020.html
HPより参加登録をお願いします(参加IDとパスワードを送ります)

○プログラム
「クライオ電顕によるノロウイルス感染構造変換の解析」
      ソン チホン(生理研) Chihong Song (NIPS)
「北大におけるハイエンドCryo-EMの導入および運営計画」
      前仲 勝実(北海道大) Katsumi Maenaka (Hokkaido Univ)
「Cold field emission beamによる高分解能リモート解析」
      米倉 功治 (理研播磨) Koji Yonekura (RIKEN Harima)

皆様のご参加をお待ちしております。
また興味のありそうな方々にご周知頂けましたら幸いです。

どうぞよろしくお願いします。

お問い合わせ:
村田和義(生理研) kazum(at)nips.ac.jp

Abstract
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第3回 クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング(協賛:AMED-BINDS)

2020年12月3日

第3回クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティングが、昨年の第2回に引き続き、今年も日本分子生物学会年会内のフォーラムとして開催。

第3回 クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング(協賛:AMED-BINDS)

プログラム
昨年の第2回に引き続き、今年も日本分子生物学会年会内のフォーラムとして開催します。
新型コロナウイルス感染症対策として、今年は初のオンライン開催となります。
直接お会いできないのは残念ですが、どこからでも参加できるオンラインの利点を活かし、活発な意見交換の場を設けられたらと考えております。

ーーープログラムーーー
開会の挨拶 田中 良和(東北大学)
ご挨拶 日本医療研究開発機構(AMED)

【クライオ電顕施設側研究者による発表】
「OISTのクライオ電顕施設と研修プログラムの紹介」 菅野 亮(沖縄科学技術大学院大学)
「東京大学におけるクライオ電顕施設の紹介」 柳澤 春明(東京大学)
「大阪大学におけるクライオ電顕施設の紹介と実用例」 岸川 淳一(大阪大学)

【クライオ電顕ユーザーによる研究事例報告】
「ミトコンドリアへのタンパク質搬入ゲートTOM複合体の構造と機能〜解析の工夫と今後の課題〜」 荒磯 裕平(金沢大学)
「Cryo-EM structures of SERCA2b reveal the mechanism of regulation by the luminal extension tail.」 張 玉霞(東北大学)

「クライオ電顕・単粒子解析におけるtips」 
安達 成彦(高エネルギー加速器研究機構)・横山 武司(東北大学・理研BDR)

総合討論 
ーーーーーーーーー
問い合わせ先:田中良和(yoshikazu.tanaka(at)tohoku.ac.jp)・ 安達成彦(naruhiko.adachi(at)kek.jp)

注意事項
※本フォーラムへの参加は第43回日本生物学会年会への参加登録が必要です。
第43回日本分子生物学会年会Web

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生理学研究所

2020年6月14日

生理学研究所
トレーニングコース2020「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子構造解析」

【WEB開催】生理研研究会「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の 高分解能単粒子構造解析」
      ~ コロナ禍にできること、すべきこと~

開催期日:2020年11月10日(火)13時〜14時15分
提案代表者:岩崎憲治(筑波大)/所内対応者:村田和義(生理研)
後援:日本顕微鏡学会関西支部
研究会ホームページ: https://www.nips.ac.jp/struct/emworkshop2020.html
HPより参加登録をお願いします(参加IDとパスワードを送ります)

○プログラム
「クライオ電顕によるノロウイルス感染構造変換の解析」
      ソン チホン(生理研) Chihong Song (NIPS)
「北大におけるハイエンドCryo-EMの導入および運営計画」
      前仲 勝実(北海道大) Katsumi Maenaka (Hokkaido Univ)
「Cold field emission beamによる高分解能リモート解析」
      米倉 功治 (理研播磨) Koji Yonekura (RIKEN Harima)

皆様のご参加をお待ちしております。
また興味のありそうな方々にご周知頂けましたら幸いです。

どうぞよろしくお願いします。

お問い合わせ:
村田和義(生理研) kazum(at)nips.ac.jp

Abstract
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大阪大学

2020年1月22日

第2回 単粒子解析計算処理の中・上級者の集まり

第2回 OTAクラブ〜中・上級者向け電顕解析勉強会〜 
2020年1月23日 0:00:00
開催日:2020年1月23−24日

場所 :大阪大学 蛋白質研究所
主催者(敬称略):阪大・杉田
参加者(敬称略):岡山大・加藤、筑波大・宮崎、東北大・横山、東大・包、
阪大:川本、阪大:廣瀬、阪大:常住、KEK・川崎、KEK・守屋

招待講師:名古屋大学・成田哲博先生
テーマ:らせん(フィラメント)解析

<内容> 
1. らせんパラメーターの推定などらせん解析全般
名古屋大学成田先生から、らせん解析、特に helical indexing (layer lineの解析) 等について講義

2. らせんのピッキング
crYOLO (Picking filaments) の実習

3. 単粒子解析
らせん対称性を用いた解析(主にRELION)と、 対称性を用いない解析(RELION, cisTEM, cryoSPARC)の情報交換(事例紹介)

4. 原子モデル構築と精密化について情報交換

5.その他、自由討論

​高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
問い合わせ先:029-879-6176

Abstract
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筑波大学 生存ダイナミクス研究センター(TARA)

2020年1月21日

【中止】第2回TARA国際シンポジウム:最先端構造生物学技術

この度,筑波大学・生存ダイナミクス研究センター(TARA)では,日本顕微鏡学会の後援を受け,日本電子株式会社との共催にてクライオ電子顕微鏡を主とした構造生物学の国際シンポジウムを2日間にわたり,開催することになりました.

Radostin Danev (The University of Tokyo)

Sriram Subramaniam (The University of British Columbia)

両博士の基調講演を始め,様々な国から実際に解析に従事しているトップレベルの方が集います.
数に限りはありますが,ランチョンセミナーもご用意しております.
1日目の夕方には懇親会もあります.
奮ってご参加ください.

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高エネルギー加速器研究機構

2020年1月6日

第3回 クライオ電顕解析初心者講習会 〜 データ処理 〜 2020年2月25日(火)~26日(水)

解析実習の参加登録受付は
満席となりましたので2月4日に終了しました

<開催概要​> 
​クライオ電子顕微鏡によるタンパク質やその複合体の単粒子解析は、電子直接検出器、位相板、解析ソフトウェアの開発といった技術革新が起こり、分解能革命と呼ばれる時代の中にあります。現在、世界では結晶化の難しいタンパク質複合体などの構造解析を行うための最新鋭の電子顕微鏡装置の導入が進められています。こちら高エネルギー加速器研究機構(KEK)・物質構造科学研究所・構造生物学研究センターにおいても、日本医療研究開発機構(AMED)の創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム事業(BINDS)を通じ、電子直接検出器Falcon 3を備えた200 kVの電子顕微鏡Talos Arctica (Thermo Fisher Scientific社) を導入しました。現在は、クライオ電顕の初期トレーニングを行うと共に、施設の共同利用を開始し、ユーザーの方々の構造解析用サンプルのスクリーニングやデータ測定が行われています。
 このような状況の下、クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョンを中心としたデータ解析講習会を開催いたします。RELIONを使ったクライオ電子顕微鏡による単粒子解析の概要についての講義を含めた解析実習など、各自で実際にStep by Step方式で電顕データの処理を体験していただきます。皆様、ぜひご参加ください。
<主催>
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
クライオ電顕ネットワーク
​高エネ機構
<関連事業>
創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム(BINDS)
<日時> 
2020年2月25日(火)~26日(水)
<会場>
高エネルギー加速器研究機構 3号館1階セミナーホール

KEKまでのアクセス
3号館@地図中 K03の建物
 講師 

守屋俊夫:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
安達成彦:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
川崎政人:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
山田悠介:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

 実習インストラクター 

重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
包明久 :東京大学大学院・医学系研究科
浅井樹 :千葉大学大学院・理学研究科
荒牧慎二:Tietz Video & Image Processing Systems GmbH

 招待公演(予定) 

重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
包明久 :東京大学大学院医学系研究科
浅井樹 :千葉大学大学院理学研究科


 宿泊および食事 
本講習会は、1泊2日のプログラムですが、機構内のドミトリー(1500円/1泊 バストイレ共同)を利用することが可能です。24日夜から前泊することもできます。
※ドミトリーの利用は数に限りがありますので、先着順となります。
※講習会中の食事は、キャンパス内の食堂および喫茶室にて取ることが可能です。 1日目の講習会終了後には懇親会を開催します。

 募集対象と人数 
本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員:20名 (クラウド解析環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。)

 参加条件 
解析実習に使うため、WiFi接続が可能なノート型パソコンをお持ちください。
尚、今回の講習会は、大規模計算機上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のノートパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンを持ってきていただく必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。
​*プログラムは決定次第随時アップ致します*
 参加費 
講習会:無料
​交通費宿泊費の補助はありません。

プログラム(仮)
2月25日(火) 3号館1階セミナーホール
10:00-10:10 はじめに 安達成彦(KEK)

10:10-10:30 Relion3データ解析〜2次元電顕像から初期3次元構造再構築まで〜
       守屋俊夫(KEK)

10:30-10:50 データ解析環境の紹介と使い方
       山田悠介(KEK)

10:50-11:30 座学・解析実習​:プロジェクト作成、ドリフト補正

11:30-12:20 ドリフト補正とCTF推定

12:20-12:30 協賛企業発表:ライフサイエンスの革命を加速させるインテルのHPC技術
      力翠湖 (インテル株式会社)

12:30-13:30 昼食

13:30-14:45 解析実習:手動粒子ピッキング

14:45-15:00 解析実習:二次元クラス平均化

15:00-15:45 招待公演:重松秀樹(理化学研究所)

15:45-16:00 休憩

16:00-16:10 協賛企業発表:構造解析にも適したIDCFクラウドのご紹介
       藤城拓哉 (株式会社IDCフロンティア)

16:10-16:30 座学・解析実習:二次元クラス平均化

16:30-17:00 解析実習:二次元クラス平均化処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

17:00-17:15 解析実習:初期三次元再構築

17:15-18:00 招待公演:包明久(東京大学)

18:00-18:15 座学・解析実習:初期三次元構造再構築

18:15-18:30 解析実習:初期三次元構造再構築結果検証

18:30-20:30 懇親会(会場未定)
会費:一般4,000円、学生2,000円(予定)

2月26日(水)3号館1階セミナーホール
09:00-09:20 Relion3データ解析(概要)
       〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する3次元分類と精密化〜
      守屋俊夫(KEK)

09:20-09:35 解析実習:三次元クラス分類

09:35-10:20 RELION統計手法の解剖
守屋俊夫(KEK)

10:20-10:35 座学・解析実習:三次元クラス分類

10:35-11:30 解析実習:三次元精密化

11:30-12:30 昼食

12:30-13:20 座学・解析実習:三次元精密化

13:20-14:20 座学・解析実習:FSC分解能とRelion後処理 

14:20-14:50 座学・解析実習:局所分解能推定

14:50-15:00 協賛企業発表:スパコンシェアリングサービス"XTREME-Stargate"
       奥野慎吾(エクストリーム−D株式会社)

15:00-15:30 休憩・写真撮影

15:30-15:45 解析実習:掌性(handedness)検証

15:45-16:15 座学:RELIONの高度な機能

16:15-16:35 休憩

16:35-17:05 招待公演;浅井樹(千葉大学)

17:05-17:15 終わりに 安達成彦(KEK)
****************************

 聴講のみの参加 ​
招待公演はじめ、講師の先生方によるセミナーはどの時間帯でも自由にご聴講頂けます。
また、席に余裕がありますので実習中もご滞在いただいて構いません。
なお、聴講のみの場合、参加登録は必要ありません。
但し、講習用配布資料や懇親会参加をご希望の方は参加登録が必要となります。
 協賛企業 ​
エクストリーム−D株式会社 ( https://xtreme-d.net/ )
インテル株式会社 ( https://www.intel.co.jp/ )
株式会社IDCフロンティア ( https://www.idcf.jp/
 問い合わせ 

オーガナイザー
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
守屋俊夫
e-mail: toshio.moriya[at]kek.jp

事務局
増田千穂
電話:029-879-6176
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2020年1月6日

SBRC International Cryo-EM Seminar6

日時:2020年2月10日 16:00 – 17:30
オンライン開催(Zoom)
高エネルギー加速器研究機構, 日本、〒300-3256 茨城県つくば市大穂 Unnamed Road
<詳細について>
Date: Monday, February 10, 2020
16:00 pm - 17:30 pm
Speaker: Prof. Gabriel Lander, PhD
Department of Integrative Structural and Computational Biology (ISCB),
The Scripps Research Institute
Location:Ni-Go-Kan Bldg. 1F, Meeting room Large
(HIGH ENERGY ACCELERATOR RESEARCH ORGANIZATION KEK)  KEK
Abstract
Please join us for this upcoming SBRC International Cryo-EM Seminar Series at KEK! 高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター 問い合わせ先:029-879-6176

Abstract
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CryoEM Network

2019年11月17日

第二回クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング

昨年の第3回に引き続き、今年も日本分子生物学会年会内のフォーラムとして開催します。
※オンラインハイブリッド開催予定

ーーープログラムーーー

はじめに 村田 武士(千葉大学)
「クライオ電顕ネットワークの説明とKEKクライオ電顕施設の現状について」
安達 成彦(高エネルギー加速器研究機構)
「北海道大学創薬拠点におけるクライオ電子顕微鏡の運用について」
前仲 勝実(北海道大学)
「東北大学に導入されたクライオ電顕装置の紹介 」
田中 良和(東北大学)
「クロマチンアトラス解明に向けたクライオ電子顕微鏡施設 」
滝沢 由政 (東京大学)
「理研横浜クライオ電子顕微鏡施設 」
関根 俊一 (理化学研究所)
「京都大学ウイルス・再生医科学研究所におけるクライオ電顕施設の紹介 」
杉田 征彦 (京都大学)
「SPring-8サイトにおけるクライオ電子顕微鏡施設の紹介 」
重松 秀樹 (理化学研究所) おわりに 村田 武士(千葉大学)
ーーーーーー
問い合わせ先:
村田武士(t.murata(at)faculty.chiba.ac.jp)・安達成彦(naruhiko.adachi(at)kek.jp)
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沖縄科学技術大学院大学(OIST)

2018年11月27日

沖縄科学技術大学院大学(OIST)における『Cryo-EM Course』開催

Abstract
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東京大学

2019年10月15日

2019クライオ電子顕微鏡講習会

これから電子顕微鏡による蛋白質構造解析を行う学生、研究者を対象として電子顕微鏡の構造、原理と、蛋白質試料の観察、データ解析の方法を解説します。
受講をご希望の方は,11/15(金)までに下記URLからお申込みください。
https://forms.gle/WCJatvMAAhxGc2MH6
-----
定員に達したため申込は締め切りました。
-----


なお設備の都合上、受講人数を制限させていただく場合があります。

同じ研究室から複数の申込みをされる場合は、受講希望者の優先順位を必ず記入してください。
また、途中参加、早退をする方については優先順位が下がりますので、ご了承ください。



講習予定内容
11月19日 透過電子顕微鏡と単粒子解析の基礎
11月20日、21日 
・ネガティブ染色試料の観察(JEM-F200)
・クライオ試料の観察(Talos)
11月22日 データ解析実習


詳しいスケジュールはこちらをご参照ください。



担当:中村一彦

TEL 03-5841-3339

E-Mail : nakamurakz(at)m.u-tokyo.ac.jp

Abstract
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生理学研究所

2019年9月8日

生理学研究所
「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能構造解析」〜みんなのクライオ電顕〜

開催期日:2019年11月26日(水)午後 ー 27日(木)午前
Nov 26 PM - Nov 27 AM
開催場所:岡崎コンファレンスセンター (名鉄本線東岡崎駅下車 地図PDF)
at Okazaki Conference Center

★参加受付中。〆切10月末日。ポスター参加者の方には予算の範囲で旅費支援します。参加費無料(交流会 事前4000円/当日5000円/学生半額)

提案代表者:岩崎憲治(筑波大)/所内対応者:村田和義(生理研)

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2019年6月26日

SBRC International Cryo-EM Seminar5

2019年7月02日 16:00 – 17:00
オンライン開催(Zoom)
高エネルギー加速器研究機構, 日本、〒300-3256 茨城県つくば市大穂 Unnamed Road

詳細について
Date: Tuesday, July 2, 2019
16:00 pm - 17:00 pm
Speaker: Edward T Eng
New York Structural Biology Center
Abstract
What to expect from cryo-EM (at a national service center

Location:Yon-Go-Kan Bldg. 1F, Seminar Room
(HIGH ENERGY ACCELERATOR RESEARCH ORGANIZATION KEK)

Abstract
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生理学研究所

2019年5月14日

生理学研究所
トレーニングコース「クライオ電顕タンパク質構造解析」

生理研トレーニングコースでは今年も「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子構造解析」を行います。

標準試料としてアポフェリチンなどを用いて、
1)Vitrobotによる氷包埋試料の作製
2)クライオ電顕によるデータ収集
3)Relion3による立体再構築
4)電顕マップの解析
を実習します。

主な使用機器:FEI Vitrobot MarkIV, JEOL JEM2100F,
Gatan 626 Cryo-specimen holder, Gatan K2 camera,
SerialEM automatic data acquisition software
GP-GPU PC

日時:2020年8月3日(月)~ 8月7日(金)
場所:自然科学研究機構 生理学研究所
申し込み〆切:6月19日(金)12:00

その他、詳細は以下のページをご参照ください。
https://www.nips.ac.jp/training/2020/index.html(全体)
https://www.nips.ac.jp/training/2020/courses_info.html#no6(本コース)

お問い合わせ先:
村田和義(kazum(at)nips.ac.jp)生理学研究所
www.nips.ac.jp/struct

是非ご参加頂けますようどうぞよろしくお願いします。

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2019年5月12日

第2回 クライオ電顕解析初心者講習会 〜 データ処理 〜

 <開催概要>​ ​
クライオ電子顕微鏡によるタンパク質やその複合体の単粒子解析は、電子直接検出器、位相板、解析ソフトウェアの開発といった技術革新が起こり、分解能革命と呼ばれる時代の中にあります。現在、世界では結晶化の難しいタンパク質複合体などの構造解析を行うための最新鋭の電子顕微鏡装置の導入が進められています。こちら高エネルギー加速器研究機構(KEK)・物質構造科学研究所・構造生物学研究センターにおいても、日本医療研究開発機構(AMED)の創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム事業(BINDS)を通じ、電子直接検出器Falcon 3を備えた200 kVの電子顕微鏡Talos Arctica (Thermo Fisher Scientific社)を導入しました。現在は、クライオ電顕の初期トレーニングを行うと共に、施設の共同利用を開始し、ユーザーの方々の構造解析用サンプルのスクリーニングやデータ測定が行われています。
 このような状況の下、クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION-3.0(Sjors Scheres, MRC-LMB)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。講師には、九州工業大学の安永卓生先生をお招きし、RELIONを使ったクライオ電子顕微鏡による単粒子解析の概要について講義を行っていただくと共に、解析実習など、各自で実際にStep by Step方式で電顕データの処理を体験していただきます。皆様、ぜひご参加ください。
​高エネ機構
 主催 
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
クライオ電顕ネットワーク
顕微鏡学会・生体解析分科会
 関連事業 
創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム(BINDS)
研究本館@地図中 M01の建物
KEKまでのアクセス
 日時 
2019年6月6日(木)~7日(金)

 会場 
高エネルギー加速器研究機構 研究本館 小林ホール

 講師・セミナー演者・インストラクター 

安永卓生:九州工業大学情報工学部
岩崎憲治:筑波大学生存ダイナミクスセンター
宮崎直幸:筑波大学生存ダイナミクスセンター
重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
守屋俊夫:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
川崎政人:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
山田悠介:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
安達成彦:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター


 宿泊および食事 
本講習会は、1泊2日のプログラムですが、機構内のドミトリー(1500円/1泊 バストイレ共同)を利用することが可能です。5日夜から前泊することもできます。
※ドミトリーの利用は数に限りがありますので、先着順となります。
※講習会中の食事は、キャンパス内の食堂および喫茶室にて取ることが可能です。 1日目の講習会終了後には懇親会を開催します。

 募集対象と人数 
本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員:18名 (※クラウド解析環境の準備中であり、数に限りがあるため、18名とさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。 )

 参加条件 
解析実習に使うため、WiFi接続が可能なノート型パソコンをお持ちください。企業の方など、ノートパソコンの持ち込み・接続ができない方は、別途問い合わせてください。数に限りがありますが、ノート型パソコンの貸出も可能です。

尚、今回の講習会は、大規模計算機上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のノートパソコンからインターネットを通じてアクセスしていただいて、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンを持ってきていただく必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

​*プログラムは決定次第随時アップ致します*
 参加費 
講習会:無料
​交通費宿泊費の補助はありません。

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2019年3月13日

連携セミナーシリーズ 第5回 生命の機能とかたち

日時:2019年3月28日 14:00 – 18:20
オンライン開催(Zoom)
筑波大学 総合研究棟A, 日本、〒305-0006 茨城県つくば市天王台1丁目1−1

詳細について
講 演
14:00-14:15 開会の挨拶 学長 永田 恭介(筑波大学)

~筑波大学と KEK の共同研究例~
14:15-14:45 「ショウジョウバエ Nopperabo の X 線結晶構造解析から遺伝学への展開」
稲葉 和恵(筑波大学大学院 生命環境科学研究科生物科学専攻・丹羽隆介研究室 KEK 物質構造科学研究所 構造生物学研究センター)


~電子顕微鏡~
14:45-15:15 「クライオ電顕ネットワークと筑波大 -KEK 連携」 千田 俊哉(KEK 物質構造科学研究所 構造生物学研究センター)

15:15-16:05 「共焦点電子顕微鏡の開発と材料・バイオ研究応用の展望」
竹口 雅樹(国立研究開発法人物質・材料研究機構 技術開発・共用部門電子顕微鏡ステーション)

16:05-16:20 休憩
​​
16:20-16:50 「KEK-PF におけるクライオ電顕施設の立ち上げと共同利用」
安達 成彦(KEK 物質構造科学研究所 構造生物学研究センター)

16:50-17:20 「ウイルスポリメラーゼの動態構造から読み解く新型インフルエンザの Outbreak」
川口 敦史(筑波大学 医学医療系感染生物学)

17:20-18:10 「多階層構造への電子顕微鏡の展開」 岩崎 憲治(筑波大学 生存ダイナミクス研究センター)

18:10-18:20 閉会の挨拶 丹羽 隆介(筑波大学 生命環境系)

18:30-20:30 懇親会 (総合研究棟 A111 号室)
(一般 :2,000 円 学生 : 無料)
皆様のご参加をお待ちしております。 問い合わせ先:
湯本(KEK) fumiaki.yumoto(at)kek.jp
丹羽(筑波大) ryusuke-niwa.fw(at)u.tsukuba.ac.jp
(atは@に変換してください)
電話:029-879-6176

Abstract
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理化学研究所

2019年3月6日

理化学研究所
RSCクライオ電子顕微鏡シンポジウム

RSCクライオ電子顕微鏡シンポジウムを開催いたします。

理化学研究所放射光科学研究センターでは、この度、クライオ電子顕微鏡 Thermofisher Scientific Glaciosを導入しました。来年度からの本格的な利活用を前に、海外からの招待講演に加えRSCでのクライオ電子顕微鏡の研究活動についてご紹介します。

招待講演者
• Yifan Cheng (UCSF)
• Roh Soung-Hun (SNU/Stanford University)
• 沈建仁(岡山大学)
主催:国立研究開発法人 理化学研究所 放射光科学研究センター

日時:2019年3月28日13:00 - 17:00
場所:理化学研究所播磨事業所 放射光普及棟大講堂

詳細については、こちら(日本語[http://rsc.riken.jp/event/pdf/RSC%20Cryo_Electron%20Microscopy%20Symposium.pdf]・English[http://rsc.riken.jp/eng/event/pdf/RSC%20Cryo_Electron%20Microscopy%20Symposium_e%20.pdf]) をご覧ください。


連絡先
理化学研究所 放射光科学研究センター
利用システム開発部門 生物系ビームライン基盤グループ
重松 秀樹 (E-mail: hideki.shigematsu(at)riken.jp)

Abstract
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CryoEM Network

2019年1月21日

第一回クライオ電顕ネットワーク・ユーザーグループミーティング

第1回 クライオ電顕ネットワーク ユーザーグループミーティングを開催します。

<プログラム>
3月8日(金)現在
参加者:150名
懇親会参加予定者:82名

----
3月8日(金)9:30 am - 6:00 pm
場所:東京大学 医学部1号館1階講堂(SC110)

<プログラム詳細>
09:30 – 09:50 UGの設立について   田中 良和 (東北大学)

09:50 – 12:20 クライオ電顕ネットワークと各施設の運営状況の説明

座長:村田 武士(千葉大学)

​演者:千田 俊哉 (高エネルギー加速器研究機構)
   吉川 雅英 (東京大学)
   杉田 征彦 (大阪大学・蛋白研)
   加藤 貴之 (大阪大学・生命機能)
   谷 一寿 (名古屋大学)
   Bruno Humbel (沖縄科学技術大学院大学)
   村田 和義 (生理学研究所)

12:20 – 13:20 昼休み

13:20 – 14:15 BINDSクライオ電顕の利用者による感想・経験談

座長:滝沢 由政 (東京大学)

​演者:平本 絵美莉 (東京大学)
   加藤 公児 (岡山大学)
   山口 峻英 (茨城大学)

14:15 – 15:15 クライオ電顕ネットワークの課題と対応,総合ディスカッション

座長:田中 良和 (東北大学)

15:15 – 15:30 集合写真 + 休憩

15:30 – 16:30 試料調製,測定,解析で困ったこととその解決方法の紹介

座長:仁田 亮 (神戸大学)

​演者:西澤 知宏 (東京大学)
   杉田 征彦 (大阪大学)
   安達 成彦 (高エネルギー加速器研究機構)

16:30 – 16:45 休憩

16:45 – 17:45 クライオ電顕による高分解能単粒子解析の最新の実施例

座長:小田 賢幸 (山梨大学)

​演者:江原 晴彦 (理化学研究所)
   Radostin Danev (東京大学)

18:00 閉会

懇親会
(本郷キャンパス周辺 会費 5,000円 → 4,000円)
​*懇親会費が変更になりました。

皆様のご参加をお待ちしております。
BINDSクライオ電顕ネットワークワーキンググループ
問い合わせ:​secretary(at)cryoemnet.org(atは@に変換してください)

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高エネルギー加速器研究機構

2019年1月9日

SBRC International Cryo-EM Seminar4

第4回目のSBRC Cryo-EM International Seminerを開催いたします。
日時:2019年1月22日 16:00 – 17:30
オンライン開催(Zoom)
高エネルギー加速器研究機構, 日本、〒300-3256 茨城県つくば市大穂 Unnamed Road

<詳細について>
Title:TranSPHIRE: Development of on-the-fly system for cryo-electron microscopy
​Speaker: Mr. Markus Stabrin
Software Developer & Ph.D. Student (Stefan Raunser group)
Max Planck Institute of Molecular Physiology
場所:高エネルギー加速器研究機構・2号館 会議室大

皆様のご参加をお待ちしております。 高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター 問い合わせ先:029-879-6176

Abstract
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名古屋大学

2018年12月17日

第3回 講義:クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析
開催日時 2019年3月13日(水)14:00~17:00 (開場 13:30~)
開催場所 名古屋大学 創薬研究館2F 講義室
講演者 大嶋 篤典 (名大・CeSPI), 谷 一寿 (名大・CeSPI)

日本医療研究開発機構(AMED)「創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 ・創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム(BINDS)」の活動一環(代表:大嶋;代表:谷)として、 国内外のクライオ電子顕微鏡の利用を促進するために、単粒子解析の講習会を開催致します。
内容は、クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析の概観を掴んで頂くことを目的としており、 膜タンパク質を中心にサンプルの取り扱いから構造決定までの道筋を初心者向けに講義致します。 Relionを使った構造解析に関しては、水溶性タンパク質を例に解析時のパラメータ選択も含めてご紹介しますので、 単粒子解析に関心をお持ちの方、ならびに複数回のご参加も歓迎しております。


【スケジュール】
 14:00~14:05 BINDS支援に関して(谷)
 14:05~15:00 講義:サンプル調製からデータ収集 (大嶋)
 <休憩>
 15:05~16:00 講義:Relion-3.0 を使った構造解析(谷)
 <休憩>
 16:05~17:00 クライオ電子顕微鏡見学 (希望者のみ)

費用:無料(産学問わず)
定員:20名程度
申込み詳細情報(こちらから):講義資料配布のため事前申し込みが必須となります。(締切2019年3月5日(火)12:00まで。受付は申込み順となりますので、定員になり次第締め切らせて頂きます)
締め切りました

Abstract
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沖縄科学技術大学院大学(OIST)

2018年11月27日

Cryo-EM Course

沖縄科学技術大学院大学(OIST)における『Cryo-EM Course』開催のお知らせ

沖縄科学技術大学院大学(OIST)では、2022年1月31日(月)より、『Cryo-Electron Microscopy』と題して、国内のクライオ電顕に精通した先生方のご協力のもと、5日間のWorkshopを開催致します。
本コースは、講義とハンズオンを織り交ぜた定員12名までの初級者向けとなります。

開催日:2022年1月31日(月)~2月4日(金)
Organizer:Bruno Humbel (OIST Imaging Section)

Keynote lecture(on Zoom):Marin van Heel (Brazilian Nanotechnology National Laboratory (LNNano), Brazilian Center for Research in Energy and Materials (CNPEM), Campinas, Brazil)

Invited Instructors:
Radostin Danev (the University of Tokyo)
Yoshiyuki Fukuda (the University of Tokyo)
Yoshimasa Takizawa (the University of Tokyo)
Fabian Eisenstein (the University of Tokyo)
Takeshi Yokoyama (Tohoku University)
Kazuyoshi Murata (ExCELLS)
Yukihiko Sugita (Kyoto University)
Takayuki Kato (Osaka University)
Junichi Kishikawa (Osaka University)
Naruhiko Adachi (KEK)
Toshio Moriya (KEK)


Hands-onの内容
Negative staining sample preparation
Basic training on Talos Arctica
Cryo-sample preparation
Negative stained sample screening on Talos L120C
Cryo sample screening on Talos Arctica
Automated data collection on Titan Krios
Relion Image processing

参加対象: クライオ電子顕微鏡に関わっている若手の方々(Graduate Student、Postdoc、研究員 etc)

詳細&ご登録はこちら:

*応募者多数の場合は選考の上、ご連絡致します。
https://groups.oist.jp/img/event/fy2021-cryo-electron-microscopy-course-oist


備考:
 参加者はワクチン接種済みであることが証明できる方に限ります。
 沖縄入り後、OIST提供のPCR検査を受けることが必須です。
 参加が決まった方には別途検査についてご連絡致します。
 旅費の補助はありません。

お問合せ:OIST Imaging Section 渡嘉敷 瑞貴(IMG-request@oist.jp)

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高エネルギー加速器研究機構

2018年12月12日

第1回 クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

<開催概要>
 クライオ電子顕微鏡によるタンパク質やその複合体の単粒子解析は、電子直接検出器、位相板、解析ソフトウェアの開発といった技術革新が起こり、分解能革命と呼ばれる時代の中にあります。現在、世界では結晶化の難しいタンパク質複合体などの構造解析を行うための最新鋭の電子顕微鏡装置の導入が進められています。こちら高エネルギー加速器研究機構(KEK)・物質構造科学研究所・構造生物学研究センターにおいても、日本医療研究開発機構(AMED)の創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム事業(BINDS)を通じ、電子直接検出器Falcon 3を備えた200 kVの電子顕微鏡Talos Arctica (Thermo Fisher Scientific社)を導入しました。現在は、クライオ電顕の初期トレーニングを行うと共に、施設の共同利用を開始し、ユーザーの方々の構造解析用サンプルのスクリーニングやデータ測定が行われています。
 このような状況の下、クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION-3.0beta(Sjors Scheres, MRC-LMB)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。講師には、九州工業大学の安永卓生先生をお招きし、RELIONを使ったクライオ電子顕微鏡による単粒子解析の概要について講義を行っていただくと共に、解析実習など、各自で実際にStep by Step方式で電顕データの処理を体験していただきます。皆様、ぜひご参加ください。

<主催>
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
クライオ電顕ネットワーク
顕微鏡学会・生体解析分科会
関連事業
創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム(BINDS)
<日時>
2018年12月13日(木)~14日(金)
<会場>
高エネルギー加速器研究機構・研究本館(12/13)、4号館(12/14)
 高エネルギー加速器研究機構
 〒305-0801 茨城県つくば市大穂1-1
<講師>
安永卓生:九州工業大学情報工学部
<実習インストラクター>
重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
守屋俊夫:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
荒牧慎二:Tietz Video & Image Processing Systems GmbH
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<宿泊および食事>
 本講習会は、1泊2日のプログラムですが、機構内のドミトリー(1500もしくは2000円/1泊)を利用することが可能です。12日夜から前泊することもできます。
※ドミトリーの利用は数に限りがありますので、先着順となります。
※講習会中の食事は、キャンパス内の食堂および喫茶室にて取ることが可能です。 1日目の講習会終了後には懇親会を開催します。
<募集対象と人数>
 本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員:25名 (※ 応募者多数の場合には、各グループからの参加者数などを調整させていただくことがございます。予め、ご了承ください。)

参加条件:解析実習に使うため、WiFi接続が可能なノート型パソコンをお持ちください。企業の方など、ノートパソコンの持ち込み・接続ができない方は、別途問い合わせてください。数に限りがありますが、ノート型パソコンの貸出も可能です。

今回の講習会は、Cloud上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のノートパソコンからアクセスしていただいて 、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンを持ってきていただく必要はございません。通常、 ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

<参加費>
講習会:無料
交通費宿泊費の補助はありません。

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高エネルギー加速器研究機構

2018年11月1日

SBRC International Cryo-EM Seminar3 11月7日(水)16:00-17:30

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Semianer Seriesの第第三弾を開催いたします。

SBRC International Cryo-EM Seminar3
講演者: Yuzuru Itoh, Ph.D.
Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University
講演タイトル:How cryo-EM revolutionizes the field of protein synthesis
要旨:
Functional complexes in translation, especially for eukaryotic cytosolic and organelle ribosomes, had been limited before the development in cryo-electron microscopy (cryo-EM) triggered so-called resolution revolution. It opened doors to access to high-resolution structural information from less amount of sample with less purity than that for crystallization. Here, unpublished single-particle cryo-EM analyses of mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) from human and the fugus Neurospora crassa will be presented. Extensive particle classification allowed to obtain several complexes representing several translational steps. Active cytosolic ribosome from Plasmodium falciparum was also analyzed by cryo-EM. An extra density next to the A site was found, which can correspond to a new translation factor.
場所:高エネルギー加速器研究機構・研究本館 会議室1

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高エネルギー加速器研究機構

2018年11月1日

SBRC International Cryo-EM Seminar2 11月2日(金)16:00-17:30

国内外の第一線で活躍される電顕研究者による、SBRC Cryo-EM International Semianer Seriesの第二弾を開催いたします。
SBRC International Cryo-EM Seminar2 講演者: Dr. Sam Li
Staff Scientist (David Agard Laboratory) University of California, San Francisco (UCSF) Howard Hughes Medical Institute
講演タイトル:
Treasure hunting in heterogeneity by electron cryo-tomography, a story from the real world
要旨:
Electron cryo-tomography (cryoET) is an emerging technique by which large and pleomorphic biological assemblages, such as the large organelles and the entire cell, can be visualized at high resolution. In the first part of my talk, I will give a brief introduction to the cryoET, from sample preparation to data collection and data analysis. I will also highlight the unique features of cryoET and how it compares to the single particle cryoEM analysis. In the second part of my talk, I will use our recent study on the centriole and basal body as an example to show how the cryoET can be used as a unique tool to solve the structure of large biological assembly, in particular, a complex with extensive heterogeneity. In the last part of my talk, I will give perspectives on where the current limitations of the technique are and what to expect from cryoET in the near future.
場所:高エネルギー加速器研究機構・研究本館・会議室 1

Sam Li 博士は、ユタ大学で博士号を取得された後、MRC-LMB にてクライオ電子顕微鏡 研究を行い、現在はカリフォルニア大学サンフランシスコ校(UCSF)/HHMI の David Agard 研究室において電顕スタッフサイエンティストとして研究活動を行われています。 また、特にトモグラフィーの手法開発と共に、Centriole や Basal body といった系への応用 に取り組まれています。今回のご講演では、50%が手法開発、残りの 50%が応用例として お話いただきますが、その中で、UCSF におけるクライオ電顕施設やその施設で共同開発 が行われてきた電子直接検出器等についてもご紹介いただきます。

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生理学研究所

2018年11月13日

生理研研究会
「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能単粒子構造解析」~ これであなたも高分解能~

Abstract
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東京大学

2018年10月24日

The Cryo-EM Revolution and Future Breakthroughs

2019クライオ電子顕微鏡講習会
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定員に達したため申込は締め切りました。
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これから電子顕微鏡による蛋白質構造解析を行う学生、研究者を対象として電子顕微鏡の構造、原理と、蛋白質試料の観察、データ解析の方法を解説します。
受講をご希望の方は,11/15(金)までに下記URLからお申込みください。
https://forms.gle/WCJatvMAAhxGc2MH6
なお設備の都合上、受講人数を制限させていただく場合があります。

同じ研究室から複数の申込みをされる場合は、受講希望者の優先順位を必ず記入してください。
また、途中参加、早退をする方については優先順位が下がりますので、ご了承ください。


講習予定内容
11月19日 透過電子顕微鏡と単粒子解析の基礎
11月20日、21日 
・ネガティブ染色試料の観察(JEM-F200)
・クライオ試料の観察(Talos)
11月22日 データ解析実習

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2018年9月6日

PF研究会「X線とクライオ電子顕微鏡で挑む生命の機能とかたち」
<趣旨>
 放射光X線を利用した生体高分子の立体構造解析は,生命科学の発展や創薬プロセスにおいて欠かせない技術である。しかしながら近年,クライオ電子顕微鏡によるタンパク質(および,その複合体)の単粒子解析技術に電子直接検出器や位相板などの大きな発展があり,クライオ電子顕微鏡によって近原子分解能の解析が可能になってきた。その結果,世界各地の大学および研究所では,結晶化の難しいタンパク質複合体等の構造解析を推進するため,急速に最新鋭の電子顕微鏡装置の導入が進められている。
 また,日本においても,創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム事業(BINDS)などを通じ,最高峰のクライオ電子顕微鏡装置の導入が進行中である。平成29年度には放射光施設Photon Factoryを持つKEK にも,共同利用を目的としたクライオ電子顕微鏡装置の導入が行われ,現在,10月の共同利用開始に向けた準備が進められている。さらに,これらの国内の電子顕微鏡装置を有効活用するために,クライオ電顕ネットワーク(https://www.cryoemnet.org/)が開始されている。
 このような状況の下,X線結晶構造解析,X線小角散乱解析、あるいはクライオ電子顕微鏡を利用する生命科学研究者が集い,今後の構造生命科学研究におけるX線とクライオ電子顕微鏡の相関構造解析や共同利用のあり方について議論するため,本研究会を開催する。
<概要>
日時:2018年9月7日(金)午後~8日(土)午前
会場:KEKつくばキャンパス 研究本館小林ホール
(KEK交通アクセス, KEKキャンパスマップ※地図中のM01の建物)
提案代表者:姚 閔(北海道大学)
所内世話人:千田 俊哉(KEK)
参加費:無料

宿舎費のサポート:KEKドミトリーをご利用の場合、なるべく宿舎費(9/7(金)夜の1泊分のみ)をサポートさせていただきます。
※宿舎費のサポートは予算の都合により、希望に添えない場合もありますので、予めご了承下さい。
 締切後にサポートの有無についてご連絡させていただきます。
※自宅、 実家、知人宅にお泊りの場合は、宿舎費は支給されません。
※企業にお勤めの方、学部学生、つくば在住の方には宿舎費は支給されません。

KEKドミトリー:ドミトリーをご希望の方は、ご自身にてご予約いただきます。
※ドミトリーを利用される場合は共同利用者支援システムにてユーザー登録、
用務登録が必要となります。
KEKドミトリー希望をご希望の方には、
●ユーザー登録のある方・・・・
    事務局にて代理用務登録を行います。
    用務が承認されますと、ユーザーズオフィスよりメールが届きますので、
    その後、ご自身にてドミトリーのご予約をお願いいたします。
●ユーザー登録のない方・・・・
    追って、事務局よりユーザー登録とドミトリー予約の
    やり方をご案内します。

※SBルームから予約が埋まっていきますので、各自お早めにドミトリー予約をお済ませ下さい。
    ●シングルバストイレ付き(SB) 2,000円/泊
    ●シングルバストイレ無し(S)  1,500円/泊
          
懇親会:9/7(金)講演終了後に予定しております。奮ってご参加下さい。
   【参加申込:8月31日(金)】
   (会費:学生1000円、非学生3000円)

参加申込:下記のフォームよりお申し込み下さい。
     ※宿泊費のサポート申込は、8月17日(金)15時で締め切りましたので、
      今後はサポートの申込は受け付けできませんが、
     ドミトリーの宿泊受付は引き続き受け付けています。
     宿泊を希望される方はお申し込み下さい。
      サポートを伴わないご参加は当日まで受け付けますが、
      Web事前参加申し込みは締め切りました。
     この後は、当日、会場にてお申込下さい。

重要な締切:
  宿舎費のサポートを希望する方の参加申し込み: 8月17日(金)←締め切りました。
   懇親会参加申し込み:   8月31日(金) ←締め切りました。
  Web参加申し込み:    8月31日(金) ←締め切りました。
お問い合わせ:研究会事務局(pf-kenkyukai@pfiqst.kek.jp)までご連絡下さい。
関連事業:創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム事業(BINDS)

Abstract
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高エネルギー加速器研究機構

2018年6月21日

SBRC International Cryo-EM Seminar

Abstract
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CryoEM Network

2018年4月15日

クライオ電顕ネットワークの中心であるE2審査において利用するwebシステムの利用法説明会

申込
Abstract