第1回 クライオ電顕解析講習会 〜OTA Clube〜

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2019年9月26日(木)~27日(金)

 開催概要​ 

 クライオ電子顕微鏡によるタンパク質やその複合体の単粒子解析は、電子直接検出器、位相板、解析ソフトウェアの開発といった技術革新が起こり、分解能革命と呼ばれる時代の中にあります。現在、世界では結晶化の難しいタンパク質複合体などの構造解析を行うための最新鋭の電子顕微鏡装置の導入が進められています。こちら高エネルギー加速器研究機構(KEK)・物質構造科学研究所・構造生物学研究センターにおいても、日本医療研究開発機構(AMED)の創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム事業(BINDS)を通じ、電子直接検出器Falcon 3を備えた200 kVの電子顕微鏡Talos Arctica (Thermo Fisher Scientific社)を導入しました。現在は、クライオ電顕の初期トレーニングを行うと共に、施設の共同利用を開始し、ユーザーの方々の構造解析用サンプルのスクリーニングやデータ測定が行われています。
 このような状況の下、クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION-3.0(Sjors Scheres, MRC-LMB)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。講師には、九州工業大学の安永卓生先生をお招きし、RELIONを使ったクライオ電子顕微鏡による単粒子解析の概要について講義を行っていただくと共に、解析実習など、各自で実際にStep by Step方式で電顕データの処理を体験していただきます。皆様、ぜひご参加ください。

​高エネ機構

 日時 

2019年9月26日(木)~27日(金)

 会場 

高エネルギー加速器研究機構 

超電導加速器利用促進化推進棟(COI棟)

 講師・セミナー演者・インストラクター 


安永卓生:九州工業大学情報工学部
岩崎憲治:筑波大学生存ダイナミクスセンター
宮崎直幸:筑波大学生存ダイナミクスセンター
重松秀樹:理化学研究所/SPring-8
守屋俊夫:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
川崎政人:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

山田悠介:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
安達成彦:KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

 宿泊および食事 

本講習会は、1泊2日のプログラムですが、機構内のドミトリー(1500円/1泊 バストイレ共同)を利用することが可能です。25日夜から前泊することもできます。
※ドミトリーの利用は数に限りがありますので、先着順となります。
※講習会中の食事は、キャンパス内の食堂および喫茶室にて取ることが可能です。 1日目の講習会終了後には懇親会を開催します。

 募集対象と人数 

本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員:名 (※クラウド解析環境の準備中であり、数に限りがあるため、名とさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。 )

 参加条件 

解析実習に使うため、WiFi接続が可能なノート型パソコンをお持ちください。企業の方など、ノートパソコンの持ち込み・接続ができない方は、別途問い合わせてください。数に限りがありますが、ノート型パソコンの貸出も可能です。

尚、今回の講習会は、大規模計算機上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のノートパソコンからインターネットを通じてアクセスしていただいて、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンを持ってきていただく必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

​*プログラムは決定次第随時アップ致します*

 参加費 

講習会:無料

​交通費宿泊費の補助はありません。

プログラム(仮)

6月6日(木) 研究本館1階 小林ホール

10:00-10:10 はじめに 千田俊哉(KEK)

10:10-10:30 データ解析環境の紹介と使い方(システムへのログインとジョブ実行)

       山田悠介(KEK)

10:30-11:00 Relion3データ解析(概要)〜2次元電顕像から初期3次元構造再構築まで〜

       安永卓生(九工大)

11:00–12:30 解析実習

12:30-13:30 昼食

13:30–15:30 解析実習

15:30-15:45 休憩

15:45-16:30 単粒子構造解析例の紹介 重松秀樹(理研)

16:30-17:00 約1年前に単粒子構造解析を始めた私の経験談 安達成彦(KEK)

 

17:00-17:45 解析実習

17:45-18:00 休憩

18:00-18:30 解析実習

18:45-20:45 懇親会 小林ホール ラウンジ

       クライオ電顕ネットワーク ユーザーグループの紹介  

       幹事長 田中良和(東北大)

会費:一般3,000円、学生1,500円

6月7日(金)研究本館1階 小林ホール

09:00-09:30 Relion3データ解析(概要)

                       〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する3次元分類と精密化〜 

          安永卓生(九工大)

09:30-09:45 解析実習

09:45-10:30 構造多型を含む超分子複合体のクライオ電子顕微鏡単粒子解析

       岩崎憲治、宮崎直幸(筑波大)

10:30-11:00 SPHIREソフトウェアの紹介 守屋俊夫(KEK)

11:00-12:00 解析実習

12:00-13:00 昼食

13:00-15:00 解析実習

15:00-15:30 休憩・写真撮影

15:30-16:45 解析実習

16:45-17:05 休憩

17:05-17:20 解析実習

17:20-17:30 終わりに 湯本史明(KEK)

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 問い合わせ 

 

世話人:

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
守屋俊夫
e-mail: toshio.moriya[at]kek.jp

 

事務局: 
増田千穂 
電話:029-879-6176
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

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